日本的垃圾处理原则是“3R”原则，即减量控制，回收利用和循环再利用。
目前日本一般生活垃圾的78%可燃物被焚烧，5%被回收利用，17%被填埋；工业废弃物为多数是污泥，动物粪便和建筑废料，其中90%被处理和再生利用，10%直接填埋。
日本实行严密的垃圾分类措施，现有的垃圾焚烧厂所燃烧的垃圾已经完全剔除了塑料等化学制品，燃烧的垃圾均为食物残渣等无法再循环利用、又不会造成大幅度环境损害的产品。这大大降低了焚烧所造成的有毒气体排放量。而不可燃垃圾经过压缩无毒化处理后，可作为填海造田的原料。东京新兴的综合休闲娱乐区台场，就有一部分是用垃圾在东京湾里填出来的。
垃圾分类收集、分类处理的。生活垃圾一般分为可燃垃圾、不可燃垃圾及资源垃圾（金属、纸张、玻璃）等三大类。居民根据当地政府的规定，在每周固定的时间用标准的垃圾袋摆放在固定的地点。日本国土狭小，城市居民密集，不适合修建大量垃圾站。及时地处理垃圾，保证了城市的整洁。特别是夏天，由于垃圾从居民家中直接被运往垃圾处理厂，在城市街道停留时间极短，避免了垃圾因腐烂而发出异味，也避免乌鸦等鸟类啄破垃圾袋，破坏环境。
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