对于琼州海峡跨海通道的建设时机，专家指出，公铁合建桥梁的实施模式并不允许分步推进。考虑到社会经济的发展和交通运输的需求，建议将建设时间设定在2012年启动，预计在2020年左右完成并投入使用。
相比之下，公路桥梁与铁路隧道的组合方案提供了分步建设的可能性。若于2012年启动中线四线铁路隧道的建设，预计2020年启用，可利用隧道的额外容量承载汽车过海，同时利用现有的海峡轮渡设施。铁路线路初期可以采用客货共线，预计到2025年能满足公路运输需求。若采取客货分线，这个时间点则提前到2024年。然而，由于公路通道的建设延误时间有限，分步实施的必要性不大。因此，建议采用公铁分建的方案，同步进行公路和铁路通道的建设，同样在2012年左右开始，预计2020年投入运营。
中国中铁大桥勘测设计院总工程师高宗余2009年10月15日在出席武汉国际桥梁科技论坛时透露，作为连接广东雷州半岛与海南岛之间的琼州海峡跨海通道建设已经启动，目前已完成了项目规划研究并通过了评审，预计项目投资将超过1400亿元人民币。