车辆被犯罪分子租用，后来被公安机关没收，可以在案件判决后申请拿回车子。根据相关法律法规，作案工具需要在案件判决后才向所有权人进行返还，但是可以要求租车人支付该扣押期间的租金。
法律分析
出租的车子被犯罪份子租用了，车辆也是犯罪工具。根据相关法律法规，属于犯罪相关财物的不同类型分别规定了追缴、责令退赔、返还被害人、没收、上缴国库等，共计五种处理措施。对犯罪相关财物，根据其与犯罪相关的程度不同，区分为与犯罪直接相关的财物、与犯罪间接相关的财物。与犯罪直接相关的财物，是指犯罪分子违法所得财物，或者违禁品和供犯罪所用的本人财物，由于这些财物与犯罪直接相关，因而国家要对其作出刑法上的处理，表现为司法机关对其进行起获、控制以及权属重构等行为，具体是采用追缴、责令退赔、没收等三种处理措施。与犯罪直接相关的财物又可分为两种：犯罪所得的财物，在条文中是指犯罪分子违法所得财物，对其采用追缴、责令退赔措施；用于犯罪的财物，在条文中是指违禁品和供犯罪所用的本人财物，对其采用没收措施。 所以，违法行为人将自有机动车用于违法犯罪的，应予没收。而将他人车辆用于违法犯罪的，应给与退还。
法律依据
《中华人民共和国刑法》 第六十四条 犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百三十四条 公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送。人民法院作出的判决，应当对查封、扣押、冻结的财物及其孳息作出处理。人民法院作出的判决生效以后，有关机关应当根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。司法工作人员贪污、挪用或者私自处理查封、扣押、冻结的财物及其孳息的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，给予处分。
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