瘴气是热带原始森林里动植物腐烂后生成的毒气，主要原因就是无人有效地处理动物死后的尸体，加上热带气温过高，为瘴气的产生创造了有利条件。
辞海解释：“瘴：瘴气，指南方山林间湿热蒸郁致人疾病的气。”《现代汉语词典》：“瘴气：热带或亚热带山林中的湿热空气
参考资料：
http://zhidao.baidu.com/question/5493928.html 瘴气？
各位蒙古大夫，赤脚医生，江湖郎中，请问瘴气这玩意到底是什么？ 特别点名去过云南的虎子。 拜托！
-- [转帖]从目证走向科学
中医中的瘴， 指南方山林中湿热蒸郁能致人疾病的毒气， 下文已经给出了一个说法。 小牛好学嘛， 就翻一下明末著名医师张介宾的《景岳全书》之十四， 其中包括瘴气论证、瘴疟论、大梁李待诏瘴疟论、瘴气回头瘴说、瘴气治瘴续说、瘴气论外备用方、瘴气瘴气论列方等等。 Link在这儿：
http://www.okbuy.com.tw/medicine/jingyu1218.asp。 小牛看完记得写个读书心得交上来， 让各位蒙古大夫， 特别点名去过云南的虎子， 打分。
顺便说一句，按《景岳全书》， “烟草，味辛气温，性微热”， “用以治表， 善逐一切阴邪寒毒， 山岚瘴气风湿， 邪闭腠理， 筋骨疼痛， 诚顷刻取效之神剂； 用以治里， 善壮胃气， 进饮食， 祛寒滞阴浊， 消膨胀宿食， 止呕吐霍乱， 除积诸虫， 解郁结， 止疼痛， 金丝烟者， 力强气胜为优。” 按张介宾的记载， “师旅深入瘴地， 无不染病。 独一营皆安然无恙， 问起所以， 则众皆服烟， 由是遍传。 今则西南一方， 无分老幼， 朝夕不能间矣” （《景岳全书》）。 按这说法， 吸烟就可以防止瘴病流行。 嘿嘿， 科学不科学， 咱就不评论了， 大伙心中有数。 只是下回躲厕所抽烟， 定要理直气壮地冲着老婆吼： 厕所这地方瘴气盛， 俺这不是避瘴吗？！
从目证走向科学
袁钟
编者按：疾病一直是人类的敌人，尤其以传染病为甚。中世纪，天花、鼠疫、霍乱等烈性传染病的流行，给欧洲乃至全球造成了巨大灾难。在这些传染病中，细菌与病毒是致病元凶。20世纪各种抗生素的发现使细菌性感染有了克星，但病毒性传染，如艾滋病以及目前肆虐很多国家的非典病毒仍然困扰着人类。为了配合当前这场抗击非典的斗争，我们约请专家撰写一组文章，介绍人类是如何同疾病、特别是传染病做斗争的。人类对疾病的认识在不断深化，新的治疗手段和技术也在不断涌现，各种疾病包括非典最终一定会被战胜。
传染病的病原是人类肉眼无法直接看到的微生物。当传染病发生时，人们最困惑和恐惧的是：是什么东西导致了疾病？只看见周围的人们一个个病倒，甚至死亡，却看不到伤害同胞的“敌人”。看不见“敌人”，就不知道“敌人”从哪里进攻，也就很难防范。
传染病的发生由来已久，人们一开始就努力探索其原因。由于当时条件的限制，人们通常只能凭直观去推测传染病的病原。当传染病流行时，医家无法发现病原，只能注意到一些特殊的现象，如间歇热似乎多在夏季发生，疟疾似乎总在多水的池沼地区发生，严重肠疾多发地区的人似乎爱喝凉水。他们进一步观察，试图寻找其中的逻辑联系。例如，无论什么人进入池沼地区，都容易患疟疾。于是，人们猜测疟疾的病因是池沼地中的湿热之气，也就是我们通常所说的“瘴气”。不仅如此，由于许多传染病的发生地大都环境污浊，气味难闻，人们认为其病因是污浊之气，也称“瘴气”。所以，无论东方西方，古代医学家最初都认为传染病是由“瘴气”所致。古罗马著名的医生盖伦、中世纪意大利医生夫拉卡斯特罗和十九世纪德国医生海勒等在论述传染病时，都认为其主要原因是“瘴气”所致。中国古代医生也认为“此病生于岭南，带山瘴之气”（《诸病源候论》），“南方岚湿不常，人受其邪而致病者，因名瘴疟”（《景岳全书》）。但是，无论“瘴气”、“异气”还是“戾气”，都看不见摸不着。人们只能间接说明它们的存在。对于古代医学家而言，他们摆脱了各病因说法，实为很大进步。但不是现代科学意义上的进步，因为这些所谓的“气”没有能直接被科学家目证，即不能清清楚楚地看见真正的致病物，也就无法对其进行完全控制和预防，以及发现针对性的治疗药物。
到19世纪40年代，研究传染病的英国医生巴德对“瘴气致病说”表示怀疑。他详细观察了发病地区的环境，认为伤寒病不是“瘴气”引起。1839年7月至11月，他观察到英国某村庄同一家庭内连续出现了3—4例伤寒病人，因而推论伤寒是由传染物引起，而不是“瘴气”感染，同时，他观察到伤寒流行期间有人离开本村到其他村庄，把伤寒传到许多村庄。巴德观察到了人与人之间直接接触传染的例证，从而认为伤寒是一种接触传染病。后来，19世纪80年代，法国科学家巴斯德和德国科学家科赫等人先后在有病的生物体内发现了大批微生物，并证实它们是传染病的病因，如家禽霍乱杆菌、结核杆菌、霍乱弧菌、麻风杆菌、伤寒杆菌、肺炎杆菌、破伤风杆菌等。通过显微镜直接看见了这些病菌，并依靠严格的实验证明它们与相关传染病的因果关系。看不见的“瘴气”从此从传染病学中消失，代之的是能被科学家目证的病原微生物，现代意义上的传染病由此成为独立发展的科学。