黑龙江水系是全国三大通航水系之一，主要通航河流有黑龙江、松花江、乌苏里江、嫩江四大干流和第二松花江、额尔古纳河、呼兰河等支流及镜泊湖、兴凯湖等，总通航里程7570公里，沟通中国东北地区9市55个县(旗)及俄罗斯远东地区，江海联运航线可直达日韩等国及中国东南沿海港口，具有发展 水运的良好条件。
1．航道。黑龙江省内通航里程5528公里，航道维护里程4295公里，其中，三级及以上航道1924公里，四级航道l 213公里；中俄界河(黑龙江、乌苏里江、松阿察河、兴凯湖)航道维护里程2385公里。全省航道(航标)建设、管理、维护和测量、勘界等任务主要由黑龙江省航道局及所属佳木斯、黑河分局承担，现有挖泥船、航标船、测量艇等各类航道工程船舶l75艘。
2．港口。全省现有码头泊位166个(不含自然码头泊位)，港口经营企业166家，年货物综合通过能力1514万吨、旅客通过能力317万人。其中，哈尔滨、佳木斯两港被交通部列为主要港口，黑河、同江是重要外贸港口。自1986年以来，经国务院批准，省内相继对外开放哈尔滨、佳木斯、黑河、同江、抚远、漠河、呼玛、奇克、嘉荫、名山、饶河、孙吴、富锦、绥滨、悦来等15个港口，水运开放口岸数是中国内河最多的省份，是黑龙江省扩大对俄开放、发展外向型经济的重要窗口。
3．船舶运输。全省现有各类船舶1466艘，总功率12.6万千瓦、1.99万客位、净载重吨位25.8万载重吨位，年运输能力24亿吨公里。全省现有水运企业697家，其中船舶运输企业531家，修造船企业12家。货运船舶吨位较大，专业运输船舶以1000吨、600吨级驳船为主，驳船平均载重量591吨，远高于全国内河平均水平；船型标准化程度较高，货运船舶以推驳船队为主，分节驳占驳船总量60％左右；客运船舶形成了以水翼艇、气垫船高速客运为主，以普通客船为辅的格局。黑龙江水运担负着对俄贸易，沿江煤、木、粮、油大宗货物及江海联运等任务，在全省经济发展、支援边疆建设、扩大对俄开放、运送国际物资等方面一直发挥着不可替代的作用。
2007年，水运完成的货物周转量13.6亿吨公里，比2006年减少36.2%；水运完成旅客周转量3246万人公里，比2006年增长0.09%。
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