对电子违章有异议的，可以向交警部门申诉，要求撤销违章记录。如果对交通违章处罚有异议，可以向上级交警部门申请复议或向法院提起行政诉讼。
具体流程：可以到处罚的交警政务大厅申请行政复议；把行车证复印一份，在背面填写复核审查；把复核申请送到当地的交警大队，提供不是当事人的车辆发生交通违法行为的证据，如果能排除，交警部门会消除违法记录。
根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第五条，交通技术监控资料记录的违法行为可以由违法行为发生地、发现地或者机动车登记地的公安机关交通管理部门管辖。
违法行为人或者机动车所有人、管理人对交通技术监控资料记录的违法行为事实有异议的，应当向违法行为发生地公安机关交通管理部门提出，由违法行为发生地公安机关交通管理部门依法处理。
当事人可以自收到《公安交通管理当场处罚决定书》之日起60日内，向作出决定的公安交通管理部门的主管公安机关提出行政复议申请。行政复议机关应当自受理之日起60日内作出行政复议决定。
电子眼抓拍违章车辆的方式
电子眼抓拍违章车辆有两种方式，一种是在路面以下埋设感应线圈来检测车辆违章信号，横杆上架设数码相机，通过后方计算机对信号进行分析，发出指令让摄像头拍照闯红灯的车辆。取得照片后，再从图片上辨认车牌号码，从而实现对违章车辆拍照取证的过程。
另一种是架设摄像机，用于对超速、闯红灯、违章停车等进行实时录像。无论哪种方式，都会对于违章车辆拍摄至少三张照片，一张是瞬间图片，一张是号牌识别图片，一张是全景图片。
当图像被下载传输指挥中心以后，就需要对图像进行登记、编号、公告，再传输到中心计算机数据库，以备各种机关调用。不过不是所有违章的车辆都能够被拍下来，只有车牌图片清晰的情况下，信息录入人员才能将违章车辆输入数据库进行处理。
对于车辆的抓拍也并非万无一失，在遭遇比如在雨天、雾天，或者光线过暗干扰时，抓拍车辆牌照就会变得困难。这主要是因为在车辆的抓拍工作中，通过提取车牌的图像，并且分割出车牌的字符，然后对内容进行识别。
因此，如果在正常的光照视线下，电子眼会轻而易举的发现目标，迅速锁定焦距对其进行抓拍，然后提取非常清晰的车牌信息作为违章备案。但如果拍摄环境的光线不是很好，而且车辆运动过快的话，就会对抓取的整体效果产生很大的影响。
以上内容参考：百度百科-道路交通安全违法行为处理程序规定