HPV还不能进行体外病毒培养，组织切片或细胞涂片后染色镜检方法的灵敏度也比较低，而临床常用于其他病原体检测的血清学方法对于诊断HPV感染来说结果也并不可靠。目前临床上直接或间接检测HPV的手段主要包括以下几个方面：一是组织活检，通过细胞的形态学改变来判断。典型的改变是表皮细胞核周空泡等。也可以进一步进行免疫组化检测，准确性较高，但由于是有创伤的操作，取材麻烦，实际应用相对不多。二是液基细胞学检测(TCT)，TCT在一定程度上也可以检测HPV感染的存在，不过与分子生物学检测的方法比较，敏感性较差。三是依赖于分子生物学技术手段对HPV DNA进行检测，包括核酸杂交和PCR方法等，根据具体的方法，可以对HPV进行定量检测和分型检测。这些方法包括传统杂交法、杂交捕获法、PCR法等。下面简单介绍一下分子生物学方法。
一、传统杂交法
特异度高、直观等优点，但操作复杂，灵敏度较PCR法低，而且需要新鲜组织样本，不便于临床推广。
二、杂交捕获法
由美国Digene公司生产的第二代杂交捕获法HybridCaptureⅡSystems(HC2)是一种液相杂交法，是目前唯一被美国食品药品监督管理局批准的HPV DNA检测技术，它能同时检测出13种高危型型病毒(HPVl6、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68)和5种低危型病毒(6、11、42、43、44)。虽然美国CDC批准了HC2检测低危型，但目前国内的试剂只能检测高危型。HC2高危型检测灵敏度较好、重复性高，但其缺点在于不能确定具体HPV亚型，且检测成本昂贵，在经济欠发达地区很难推广。另外，HC2还存在一定的交叉杂交的问题，有时会引起假阳性结果。
HC2检测是目前临床高危型HPV检测领域很重要，很常用的方法，也是宫颈癌筛查的首选方法。HC2统一的临床判定标准≥1.0pg/ml(相当于5000病毒拷贝/次)。需要特别指出，HC2 HPVDNA检测结果阴性并不代表完全没有感染HPV，只是代表其体内HPV含量低于5000拷贝/次。病毒含量低于该水平，则在至少3-5年内发生宫颈上皮瘤变CIN2/3级病变的可能性是非常低的。也就是说，罹患宫颈癌的风险是非常低的。若检测结果为阳性， HC2 HPV DNA≥1.0pg/ml(5000copies/ml)，则应当每年定期进行HC2复查，若连续两年检测结果阳性，应咨询医生进行下一步检查或治疗，年龄大于30岁女性更应密切监测。宫颈癌手术后的病人监测HC2可预测病变恶化或手术后复发的风险。
三、PCR法
以PCR为基础的检测方法是目前认为较好的HPV DNA检测及分型方法，主要分为基因扩增和产物分析两部分。它能用于HPV定性及半定量检测、DNA测序和基因突变分析。
1、PCR基因扩增
包括通用引物PCR(GP-PCR)、型特异性PCR(TS-PCR)和实时荧光定量PCR(RQ-PCR)等方法。
2、PCR产物分析
包括基因芯片(也称DNA芯片)法、限制性片段长度多态性分析(RFLP)、测序法和杂交分析法等。基因芯片法可进行HPV分型及诊断混合感染，且具有通量大、高敏感性和特异性的特点，可用于大范围筛查，更适于流行病学的调查和疫苗方面的研究。
男性检测HPV也是有重要意义的，研究显示有多个性伴侣的男性是高危型和低危型HPV的“运载工具”。男性感染高危型HPV主要是亚临床感染。以往检测男性HPV感染是通过阴茎灌洗液或精液检测HPV DNA，但存在取材的困难、检测手段的敏感性低、实验程序复杂，缺乏正常对照等缺点。
目前临床上对于HPV的检测还没有既能分型又能定量，既非常准确又价格便宜的方法，为了解决这个问题，一是根据不同的目的进行不同的检测，一是倾向于联合应用，例如，液基细胞学检测(TCT)联合细胞HC2检测、或者基因芯片进行筛查后，进行HC2半定量检测等。另外，性伴同时进行检测，无论对HPV低危型引起的尖锐湿疣，还是HPV高危型引起的宫颈癌等疾病，都有重要意义。
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