畸形性吞咽困难疾病的主要病因在于胚胎发育过程中出现的异常，这些异常导致了相关血管或结构对食管的压迫。以下是几种常见的异常情况：
首先，迷走锁骨下动脉的异常可能导致右锁骨下动脉直接从主动脉弓起始，偏离常规路径，从左锁骨下动脉远端出发，行走在食管后方或气管和食管之间，对食管造成压迫。
其次，右位主动脉弓和左主动脉韧带的问题表现为主动脉弓不按正常路径从右向左下延伸，而是逆向越过右主支气管，形成一个血管环，与肺动脉和动脉韧带一起压迫气管和食管。
再者，双主动脉弓的出现会使得升主动脉产生两个动脉弓，一个在气管前方，一个在食管后方，它们最终合并形成降主动脉，形成一个包围食管和气管的动脉环，可能伴随其他先天性心脏问题。
最后，无名动脉或左颈总动脉位置异常时，无名动脉的起始部位于气管左侧，通过气管前向右延伸，造成气管向后压迫食管，进而引起气管狭窄和食管通过的困难。
畸形性吞咽困难(dysphagia due to vascular deformity)早在1787年由Bayford提出，是因右锁骨下动脉起始部发育畸形并走行异常而压迫食管引起吞咽困难的疾病。报告的患者为60岁女性，自12岁出现吞咽困难，逐渐加重，最后20年几乎不能进食直至衰竭死亡。