对于来自血吸虫流行区且有过疫水接触史的癫痫患者，应高度怀疑脑血吸虫病的可能性。首要任务是确认患者是否患有血吸虫病。病史中若有发热、咳嗽、皮疹、腹泻等全身感染症状，体检时观察到肝脾肿大，血液检查发现嗜酸性粒细胞计数增加，同时在粪便中发现虫卵、孵化结果阳性或结肠活检阳性，这些都是感染的证据。
血吸虫特异性抗原的血液和脑脊液补体结合试验，以及环卵试验，作为诊断手段具有重要意义，能提供有力的参考数据。神经系统检查、脑血管造影、以及CT影像显示颅内有占位性病变，或者脊髓有病变，这些都是诊断脑血吸虫病的关键依据。
脑血吸虫病系血吸虫虫卵沉积于脑组织中的一种疾病。血吸虫成虫寄生在门静脉系统和其它血管内，产生的虫卵可经体循环、颅内静脉窦或椎静脉系统侵入颅内或椎管内。虫卵在脑或脊髓内沉积，可引起：特异的炎性病变，主要发生在病灶区的软脑膜和其下的皮质和白质内，可表现为虫卵肉芽肿、假结核结节和疤痕结节等形式，并有浆细胞浸润、病灶周围毛细血管网形成。非特异性病变，表现为胶质细胞增生，脑（或脊髓）软化或水肿，小血管炎性变化等。