高校发生政治性问题的主要原因如下：
思政教师队伍构成复杂，教学方法陈旧
随着高校的扩招，大学生数量快速增加，高校原有的教师数量已经不能够满足学生们对教师的需求了，这一情况在思想政治教师队伍中同样如此。在这一背景下，许多高校都开始大量引进思想政治教育教师，但是国内具有思想政治教育学科背景的教师是有限的，于是一些具有非思政学科背景的教师也进入了思政课教师队伍中。
这些不具有思想政治教育学科背景的教师对思想政治教育课程的认同感不强，不习惯从思想政治教育的学科范式出发来给学生讲课，这样的教学活动也不能够保证思想政治教育课的教学效果。
另外一些具有思想政治教育学科背景的教师又习惯于坚守固有的教学模式，未能及时的更新教学课件，他们所用的课件往往注重陈旧的形式，充满了空洞的“政治色彩”，教学内容缺乏新颖性，与现实的社会发展脱节。
在课堂教学中，师生之间又缺乏必要的互动，教师只是照本宣科，学生只是被动的接受，这种填鸭式的教学方法很难给学生讲清楚思想政治教育的内容。
思想政治教育课程体系不完善
我国的很多社会科学理论是经由西方传播而来的，这些西方的课程理论蕴含着外来的文化元素，如果只是照搬照用，难免会出现“水土不服”的情况，所以需要秉持“拿来主义”的态度，做好西方课程理论的本土化。
但是本土化改革的过程不是一蹴而就的，而是需要不断的探索，但是在探索的过程中也会出现一些问题。目前我国思想政治理论课的改革进展缓慢，一些高校教师仍然照搬照用西方的思想政治教育理论，甚至有些教师把“思想政治教育理论”和“思想政治教育接受理论”混为一谈，这种具有误导性的讲解存在很大的问题。
思想政治教育课程体系的不完善也引发了部分高校学生对这一课程的误解，有些高校学生认为思想政治教育课程不重要，可学可不学，这样的一种心态是值得思想政治教育者反思的。
此外，部分高校的思想政治教师专业素养缺失，对高校思想政治教育工作还存在错误的认识，他们把思想政治教育工作看作是专业的学科教育和浅层化的政治教育，这样的看法是不利于进行高校思想政治教育活动的。