两次鉴定结果不一样的，以后一次的司法鉴定结果为准。因为前一次司法鉴定结果因有争议才会有一方提出重新鉴定，因此以重新鉴定的结果为准。如果两次鉴定结果有微差，可以理解。如果差距太大，可以向司法局或司法厅投诉，要求对合法性合理性进行认定，也可申请撤销。
《司法鉴定程序通则》第三十一条
有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受办案机关委托进行重新鉴定：
（一）原司法鉴定人不具有从事委托鉴定事项执业资格的；
（二）原司法鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的；
（三）原司法鉴定人应当回避没有回避的；
（四）办案机关认为需要重新鉴定的；
（五）法律规定的其他情形。