夏代，淮阴以淮河为界，分属徐、扬二州之域。商周史籍称为东夷、淮夷之地。
春秋末，属吴。吴被灭后属越。
周贞定王二十四年（公元前445年），楚国屡侵泗水流域，淮阴归属时越时楚，后来终属楚。
秦王政二十四年（前223年）秦灭楚，始设淮阴县，属泗水郡（一说属东海郡，也称郯郡），淮阴县治所设在今楚州区。
西汉初，分出淮阴县西南地域置富陵县（今洪泽湖内和洪泽、盱眙的部分地区）。高祖六年 （公元前201年），封韩信为淮阴侯，淮阴为其封邑。十一年，韩信被杀，淮阴侯国取消，仍称淮阴县。武帝元狩六年（公元前117年），置临淮郡，淮阴、富陵为其属县。
王莽篡汉，改淮阴为嘉信，并改临淮郡为淮平郡。
东汉初并临淮郡入东海郡，淮阴县属之，且撤富陵县，其地入淮阴县，永平十五年（72年）分临淮郡故地立下邳国。建安十一年（206年），下邳国名废除，仍为临淮郡，淮阴属之。
三国时属魏，魏承汉制，没有变更。
晋武帝初，仍属临淮郡。太康三年（282年），移广陵郡治于淮阴，至晋元帝渡江，广陵郡 移去，其间共三十四年。
东晋以征北、镇北将军，青兖二州刺史或徐州刺史镇淮阴，淮阴遂为重镇。永和八年（352 年），荀羡以北中郎将徐州刺史镇守淮阴。他认为淮阴旧镇“地形都要，水陆交通，易以观 衅，沃野有开殖之利，方舟运漕”，却“无地屯兵”，因而在秦汉故城（即甘罗城）之南一里 许，营造新的城池（后来的淮阴故城，今码头镇附近），自此淮阴为南朝国防要地。
南朝刘宋泰始三年（467年）淮河之北被北朝占领，刘宋于淮阴侨置兖州镇，七年（471年）， 改称北兖州。萧齐建元四年（482年），兖州镇移去。永明七年（489年）复立东平郡于淮阴，领寿张、淮安二县。
梁改为淮州，郡治淮阴故城，县改称怀恩。太清三年（549年），侯景以萧弄璋为北兖州刺 史，州民发兵拒之，于是淮阴复称北兖州。侯景派直阁将军羊海帮助萧弄璋，羊海带着队伍投降东魏。东魏踞淮阴，仍称淮州郡怀恩县。
陈太建五年（573年），吴明彻伐齐，十一月，淮阴城降陈。九年（577年初），没于后周， 恢复县名为寿张。再立东平郡，和萧齐时一样。
隋初，复为淮阴郡，不久废淮阴郡为淮阴县。大业初（605年），并淮阴于山阳县(今楚州区)。
唐武德初年，恢复淮阴县建置。武德七年（624年），淮阴第二次并入山阳县；乾封二年（667年），淮阴又从山阳划出恢复县建置。
五代至北宋时，仍称淮阴县。
南宋建炎元年（1127年），划出淮阴县西境置吴城县，三年后又复归淮阴县。绍兴五年（113 5年），废县为镇；后一年复为县。金皇统元年（1141年），宋奉表割地与金和，约以淮水中流为界，于是淮阴县淮河以北的地方（吴城镇、金城镇）都割给了金人。金以吴城镇（沿淮北岸一线）隶临淮，金城镇（淮河北岸北部地区）隶涟水。南宋也在嘉定七 年（1214年），将淮阴县治所迁徙到八里庄（《光绪丙子清 河县志》疑为韩信城）。其后十七年，金正大八年（1231年），南宋淮阴降金，改为镇淮府，次年，即为南宋江淮安抚制置使赵善湘收复（淮阴自秦设县至南宋，县治均在淮河南岸—— 今码头镇境内或附近）。南宋咸淳九年（1273年），首次设置清河县，属清河军。1274年，淮东制置使李庭芝迁县城 于大清口（也称泗口，约今袁集乡桂塘村)，同时（或前后），划出原淮阴县东境及其他地域，置新城县。清河县建立3年（迁县城后仅2年），地入于元。
元初，清河、淮阴、新城三县并置，撤销清河军，以县属淮安路录事司。至元二十年（128 3年），并淮阴入山阳，淮阴于是四入山阳，而清河因为后成立而独自存在。元泰定元年（1324年）黄河决口，大清口县城被毁，县尹耶律不花迁清河县城于甘罗城，清河始得淮阴故地而 县境及 于淮水之南。天历元年（1328年）县尹达鲁花赤哈麻又因甘罗城地僻水恶，居民甚少，迁县城于小清口之西北。离淮阴故城十里远，开始没有城墙，后来因战事需要，筑有东西北三面城 墙（南面临河），边长3.5公里（今码头旧县）。
明初，清河县城仍在小清口西北（今码头旧县），嘉靖年间，大清口淤塞，黄河全经小清口 入淮，县城水患深重。直到崇桢元年（1628年），因水患和战乱并起，复迁治甘罗城。
清顺治三年（1646年），清河县治仍迁小清口西北（今码头旧县），隶属淮安府。康熙中， 县城屡圮于水。乾隆二十六年（1761年），江苏巡抚陈宏谋上疏请求移治，获准后于次年迁至山阳的清江浦，而割山阳靠近清江浦十余乡并入清河，清江浦成为清河县的新县治，除南界棠 泾（今周桥）、青州涧 （今氵义河），仍属山阳外，古淮阴之地全部归清河县所有。
民国初，废淮安府，县直属江苏省，民国三年（1914年），清河县复称淮阴县（与河北省清 河县同名之故）。仍设治于清江浦。并设淮扬镇守使衙门、淮扬道伊衙门于此，淮阴为其属县。民国十六年（1927年）撤道，民国二十一年（1932年）设淮阴行政督察专员公署于清江浦，淮阴县为其管辖。民国二十六年（1937年）底，日军入侵江南，江苏省政府迁避于此。民国二十八年（1939年） 3月1日，日军侵占清江，江苏省政府迁至淮东，淮阴县政府在县内农村活动至民国32年。民国二十九年（1940年），中国共产党淮阴抗日民主政府在县境北乡花庄成立。民国三十四年（1945年）8 月，抗日战争胜利。9月，新四军解放淮阴城，取清江浦简称成立清江市，农村仍为淮阴县。不久，苏皖边区政府成立，驻清江。淮阴县为其所属。民国三十五年（1946年）9月，国民党军队占领清江，其淮阴县政府、淮阴专员公署均设于此；中国共产党政府机关撤出清江市活动于北乡农村。
1948年12月，人民解放军解放淮阴城，淮阴城区与淮安城区合并为两淮市，市府驻地清江浦。农村为淮阴县。
1949年10月，官荡区划入涟水县。
1951年1月，县城从淮阴县划出，单列为清江市，淮阴县政府搬迁至王营镇，因前进街太窄，在西马路口西北角（现市人民医院一院北宿舍区内）设署办公（时为草屋）。
1952年，成立蒋坝区。
1958年8月，淮阴县与清江市再次合并，成立淮阴市。
1964年10月，市县再次分置为淮阴县和清江市，但淮阴县政府仍驻 清江博古路现“苏皖边区政府旧址”内。
1972年淮阴县政府迁至王营镇北京路73号。
1983年3月，江苏省实行市管县体制，撤销淮阴地区专员公署，设立淮阴市，淮阴县为其所属。
2001年元月1日，淮阴市更名为淮安市，淮阴县更名 为淮安市淮阴区，辖区不变。7月，淮阴区行政中心从北京路73号搬出分散办公(区委区政府在人民银行大楼内办公，人大政协在劳动局、国土局大楼内办公)，并选址在工业园附近新建淮阴区行政中心。
