农村合作医疗主要是在你户籍地使用的，一般在门诊看病打针买药的根据乡镇、县级、市级、省级的程序走的，越是基层的报销的比例就越大；异地报销需要按照当地的政策规定。
农村合作医疗报销流程流程可以分为如下几个部分：
一、报销所需资料
1、门诊报销携带资料：门诊发票、合作医疗证历本(或病历)。
2、住院报销携带资料：住院发票、合作医疗证历本(或病历)、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3、门诊特殊病报销携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。
4、办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。
二、报销流程：
参保户将报销所需资料备齐后交村(社区)合作医疗联络员由村(社区)合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
新型农村合作医疗报账指南
住院报账程序：
医院直接报账：
因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。
镇新型农村合作医疗办公室报账：
报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。
所需材料：出院证、正式发票、费用清单、户口本、身份证、农村合作医疗证。
外地住院，还需备齐：住院小结、住院首次病程记录、出院记录。
区外住院，还需备齐：入院记录、出院记录。
外伤住院，还需备齐：外伤证明、入院记录。
(外伤证明——由所在村社开具详细证明，并盖村委公章)
生育住院：
本地住院正常分娩，需：出生证明、准生证。
外地住院正常分娩，需：出生证明、准生证、入院记录、出院记录。
剖腹生产(本地、外地)，需材料：出生证明、准生证、入院记录、出院记录。
特殊门诊的办理：
对一年内从未住院的糖尿病、高血压(Ⅱ期及以上)、恶性肿瘤(放疗、化疗)、精神病、白血病、肝硬化、尿毒症(门诊透析)、系统性红斑狼疮、慢性风心病和脑血管意外康复期等特殊疾病患者，将全年累积门诊费用按比例在年底给予补偿(注：需到县定点医疗机构确诊后，在医院填写申请表，再到县农合中心办理相关手续)。