7月14日清晨，萨尔瓦多开始对洪都拉斯采取军事行动，足球战争爆发。战争开始后，美洲国家组织(OAS)紧急集会，呼吁立即停火和萨军撤出洪都拉斯。7月18日萨尔瓦多政府同意签订停火协议，20日该协议全面生效。8月初，萨尔瓦多开始从洪都拉斯撤军。这场实质上与足球无关的足球战争仅持续了四天多，然而达成最终和平协定却花费了十年的时间。这场战争遭到了萨尔瓦多民众和低下层军官对军方的批评，却唤起了洪都拉斯人的民族意识和民族自尊心。成千上万的洪都拉斯工人和农民要求参军保卫国家，地方防卫组织如雨后春笋建立起来。无数的普通民众甚至拿起弯刀走向战场。正像萨尔瓦多历史上的其他军事冲突一样。1969年萨洪战争(谐称足球战争)的根源在于两国经济发展的不一致。萨尔瓦多国小人多，可耕地严重受限，经济却较发达，而洪都拉斯却国大人少，经济比较落后。到1969 止，已有大约300,000 萨尔瓦多人越过边境，在人口稀少的洪都拉斯落地生根。这些人大都是非法移民，他们对所耕土地的占有仅在于他们居住于此。对于洪都拉斯来说，土地并不是问题，问题是自身日益被包围的形象和民族情感。在整个60年代，中美洲共同市场的运作机制越来越有利于区域内经济较发达的国家，特别是危地马拉和萨尔瓦多。萨尔瓦多在洪都拉斯有很多企业——制鞋店铺随处可见——更显现了两国间的经济差距。于是，萨尔瓦多移民——虽然并不具有实际的经济意义——变成了刺激洪都拉斯民族主义情感的痛点。
1969年6月27日，两国宣布断绝邦交，双方关系急速恶化。
7月14日，萨尔瓦多空军对洪都拉斯首都特古西加尔巴(Tegucigalpa)郊外的空军基地进行轰炸，战争正式爆发，两国空军展开激烈的追逐战。7月15日，洪都拉斯以轰炸伊罗班哥(Ilopango)的机场作为反击，之后又转而攻击该国海边的的储油设施和炼油厂，从而打击了萨尔瓦多的燃料补给。同日，萨尔瓦多派出12000多名地面部队入侵洪都拉斯，并占领若干边境城镇，以及泛美公路沿线。然而，受限于补给问题，萨尔瓦多军队攻入不久便被迫停止前进。7月16日，萨尔瓦多空军再度出击，却因机场航管不当，导致飞机擦撞，从而使机场运作停摆。同时，萨尔瓦多地面部队得到补给，持续挺进。洪都拉斯则征召1000多名退伍士兵组成荣誉卫队营(Guardia de Honor Battalion)，以运输机载往前线抵抗萨尔瓦多军队，并以10架护航战机骚扰敌军。如此持续至萨军占领圣塔·罗莎·科潘(Santa Rosa de Copan)后，荣誉卫队营才撤离。7月17日，两国空军爆发空战，萨军惨败，空军战力大减。同时，在陆战方面，洪都拉斯也有斩获，但受限于弹药不足，没能将萨尔瓦多军队赶出国境，因而使战事陷入胶着。7月18日，萨尔瓦多开始在洪都拉斯境内展开小型游击战，以截断洪都拉斯陆军的后援。而萨尔瓦多也向邻国收购战机以重振空军战力，然而却要五天后才能运抵国内。
