开元寺的历史背景是唐玄宗开元二十六年诏天下诸州各建一寺，以年号为名，于是改名为开元寺。
开元寺始建于唐垂拱二年，传说泉州巨富黄守恭梦见桑树长出莲花，遂舍桑园建寺，初名莲花寺。长寿元年改兴教寺，神龙元年又改龙兴寺。唐玄宗开元二十六年诏天下诸州各建一寺，以年号为名，遂改称开元寺。
乾宁四年王审邽重建。南宋绍兴二十五年被毁，寻重建。元代赐名大开元万寿禅寺。至正十七年又被毁。明洪武二十二年僧惠远重建。永乐六年扩建。万历二十二年重修，崇祯十年总兵郑芝龙等重建大雄宝殿。
民国初年，转道和尚任开元寺主持及慈儿院院长，转物和尚任开元寺监院，圆瑛法师任开元寺都监，共主修缮，改原时难全其功。
1960年重修拜亭和大雄宝殿。1973年政府拨款重建东、西廊。1989年后接受海外侨胞捐资，先后重修大雄宝殿、山门和准提禅院。1962年福建省人民政府公布开元寺为省级重点文物保护单位。1982年被列为全国重点文物保护单位。