一、增值税发票丢失后怎么处理
（一）应于发现当日书面向发现丢失当日书面报告税务机关。办理发票挂失损毁报告需要提交《发票挂失损毁报告表》1份。如果发票遗失、损毁且发票数量较大在报告表中无法全部反映，还应提供《挂失损毁发票清单》1份。
（二）接受税务机关行政处罚。如果符合首违不罚的规定，可免予处罚。
（三）凭复印件勾选或认证。销货方纳税人已上传发票明细数据的，购货方纳税人可凭专用发票记账联复印件直接勾选抵扣或扫描认证；销货方无需再向主管税务机关申请开具证明。
（四）凭证管理及资料留存
1.丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件留存备查。
2.丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
3.丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
二、增值税发票逾期的原因有哪些
客观原因包括如下类型：
（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
（六）国家税务总局规定的其他情形。
《增值税专用发票使用规定》第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。