文登市档案局设有多个内设机构，承担着不同的职能职责。首先，办公室作为连接内外的纽带，负责全局的上传下达，包括文秘、保密、信息管理、人事以及退休干部的相关工作，确保了机构的日常运行和协调。
其次，指导科主要负责制定全市档案工作的规章制度，对机关、企事业单位和农村的档案工作进行监督和指导。它还承担着档案业务培训、宣传法规、执行检查和执法监督的任务，对执行《档案法》表现优秀的单位和个人提出表彰和奖励建议。
管理科的核心职责是接收具有长期保存价值的档案，科学管理并开展提供利用和鉴定工作，同时按照规定对档案进行社会开放，并接收和征集档案资料。编写参考资料和编辑出版档案史料也是其重要工作，同时推动档案管理现代化进程。
综合科则负责全局的综合协调，包括内勤管理、统计年报、财务、设备管理、安全保卫等工作，确保了档案局内部的高效运行和稳定。
编研科根据馆藏和利用者的需求，深入研究档案内容，编写参考资料，编辑出版档案史料，为两个文明建设提供有针对性的档案信息资源。它还负责馆藏资料的保管、利用，以及接收和征集工作。