西南交通大学土木工程学院有着悠久的历史，其专业发展可以追溯到1896年，那时以铁路工程建设为背景，创建了土木工程专业，即铁路工程科。该校早期毕业生如张浩然、徐士远等，对我国铁路建设做出了重要贡献，如詹天佑先生的京张铁路，标志着中国自力更生和知识引进培养出的铁路工程师的成功。学校的办学模式借鉴了欧美高等学府，开设了铁路、矿冶、机械等多个工程科，目标是培养高级建设人才，课程体系严谨，包括外籍教师授课和毕业论文制度，使其毕业生达到世界公认的水平。
1912年以后，学校名称几经更迭，名师如罗忠忱、伍镜湖等“五老”和茅以升等桥梁专家的加入，使学校教学成绩斐然。1916年和1917年，该校在全国专科及以上学校成绩展览和铁路实习生统考中均名列前茅，体现了其卓越的教学质量。学校规模也在不断壮大，增设矿冶、铁道管理等专业，培养了大量土木建筑工程人才。
1952年全国高校院系大调整后，该校土木工程专业经历了整合和拓展，如结构系改为桥隧系，矿冶系分设等，对中国的高等教育做出了贡献。1994年成立土木工程学院，专业领域进一步扩展，如道路与铁道工程、桥梁工程等，同时引入了多层次人才培养体系。进入21世纪，学院继续创新，如合并专业并扩展至更多领域，如道路工程、市政工程等，为国家培养了众多高级土木工程人才，包括多位院士和勘察设计大师，这在近代高等教育史上留下了显著的印记。
西南交通大学土木工程学科已经有115年的历史。1896年，西南交通大学的前身山海关铁路官学堂诞生，学校当时仅设有土木工程系，于1897年春在天津招收了第一届学生20名，这是我国高校成立最早的土木工程系，西南交大也由此成为中国近代土木工程高等教育的一个重要发祥地。