在《仙剑奇侠传98柔情版》中,故事从余杭镇的客栈开始,李逍遥在客栈中救下了一位破道士,并承诺在十里坡教授剑术。然而,婶婶突然病倒,他为求仙药而踏上仙灵岛。在那里,他意外遇见了沐浴中的赵灵儿,得到灵药和破天锤,但灵儿的姥姥误会他欺负了灵儿,逼迫他们结为夫妻。逍遥服用的忘忧散让他忘记了部分记忆。
之后,他返回客栈救下被绑架的灵儿,两人共同回到仙灵岛,却发现姥姥已死。在苏州,他们遇到了刁蛮的林月如,李逍遥救下私奔男女后被月如刺伤,灵儿用还魂咒救活了他。在苏州客栈,他们救了书生刘晋元,并因月如比武招亲事件,李逍遥被迫成为林家的一员。
随着剧情推进,灵儿的真实身份显露,李逍遥误以为她被蛇妖抓走,与月如一同追到隐龙窟,打败妖邪。在白河村,他们救出韩医仙的女儿,但她的女儿被苗人掳走,引向鬼阴山。在那,灵儿为了救同伴离开,而李逍遥则发现拜月教主的阴谋。
最终,三人合力击败拜月教主,但灵儿与水魔兽同归于尽,只留下李逍遥独自离开苗疆。月如则抱着初生的忆如等待他们的归来。此外,98柔情版相较于DOS版,增加了动画、音乐格式和音效的改进,以及场景和迷宫地图的调整。