维生素D缺乏病的鉴别诊断主要包括以下几个方面：
首先，肾性佝偻病，由于先天性肾发育不全或慢性肾炎导致肾功能减退，骨骼畸形可能会发生。尽管血钙水平偏低，但通常不会引发手足搐搦现象。
其次，肾小管性酸中毒的特点是低血钾和维生素D缺乏病的表现，并且可能伴随着肾钙化或结石的并发症。
范可尼综合征则以氨基酸尿、肾性糖尿病、尿磷过多、血磷降低、生长发育迟缓和严重的佝偻病为特征，需要特别注意区分。
在诊断过程中，还需要与体弱多汗、轻度脑积水导致的头部增大、智力发育障碍、运动发育迟缓、克汀病（骨龄落后）以及软骨营养不良（一种遗传性疾病）等其他可能的疾病进行区分，以确保准确诊断和治疗。
在机体的钙、磷代谢中，维生素D起重要的调节作用，所以维生素D缺乏病的发生与钙、磷代谢有密切的关系，对机体的影响是全身性的，其突出的表现是佝偻病（rickets）或骨软化症（osteomalacia）的发生。