1206年，一代枭雄孛儿只斤·铁木真在大忽里勒台称汗，尊号“成吉思汗”，标志着“蒙古帝国”的崛起。在成吉思汗及其子侄的南征北战下，蒙古帝国国土横跨亚欧大陆，面积达三千余万平方公里。但是1259年蒙古帝国大汗蒙哥突然死于钓鱼山下，忽必烈和阿里不哥为争夺汗位引发内战，忽必烈最终虽然获胜，但是因为阿里不哥获得了更多蒙古王公的支持，使得蒙古帝国瓦解，四大汗国都获得了实质上的独立，与元朝战争不断。蒙古帝国的分裂是有其必然因素的，谁都阻止不了。
1206年成吉思汗铁木真建立大蒙古国后，他的几个儿子术赤、察合台、窝阔台、拖雷等人就是其主要助手，立功无数。因此蒙古数次西征后，成吉思汗将西方大片被征服的土地分封给几个儿子，分别是长子术赤的钦察汗国、次子察合台的察合台汗国、第三子窝阔台的窝阔台汗国，将蒙古本部留给托雷，这些人手中握有庞大的领土和强大的军队，埋下了分裂的祸根。
成吉思汗活着的时候，凭借着建国的崇高威望和父子血脉亲缘关系，自然能够维持整个帝国的稳定；等到蒙哥继位的过程中，蒙古帝国各部分因为争夺汗位、争夺土地爆发了很多冲突，再加上成吉思汗的子孙经过几代繁衍血缘关系也远了，蒙古帝国自然有了分裂倾向。
而1259年，忽必烈和阿里不哥的汗位之争引爆了蒙古帝国暗藏的危机。蒙哥继位大汗后，让自己的四弟忽必烈总领漠南汉地（也就是中原地区）事务、六弟旭烈兀率军西征、七弟阿里不哥留守大蒙古国首都哈拉和林。
忽必烈还没开始掌权的时候就接触了很多中原汉地的人，招募了大批汉族知识分子担任幕僚。1251年，忽必烈总领漠南汉地事务后，任用了刘秉忠、许衡、姚枢、郝经、张文谦、窦默、赵璧、史天泽等汉人掌控军政大权，并且推崇儒家教育、主张“行汉法”，推动蒙古汉化。
而忽必烈的这种行为损害的是大部分蒙古王公的利益，毕竟要把权力分给别人谁都不干。因此1259年蒙哥汗突然暴毙后，大部分蒙古王公都支持反对汉化的阿里不哥继位，特别是钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国更是阿里不哥的主要支持者。
忽必烈在蒙古王公中的支持者虽然少，但是掌控的力量却比阿里不哥更强。首先蒙哥汗死的时候正在带领大军进攻南宋，忽必烈近水楼台先得月获得了这支大军的统帅权；其次忽必烈坐镇中原，获得北方汉人支持，不论是人力、物力都在阿里不哥之上。经过四年惨烈内战，忽必烈彻底消灭阿里不哥，但是大部分蒙古王公并不承认忽必烈是蒙吉大汗正统，各大汗国纷纷独立，忽必烈的权力仅限于东方。
1271年，忽必烈建立大元朝，将蒙古的统治中心由漠北哈拉和林迁到大都，忽必烈此后虽然一直想依靠外交、军事等手段重新统一蒙古帝国疆土，但因为多年征战积累下的仇恨以及执政理念不同等原因，一直没有成功。直到1304年元成宗在位时期，四大汗国才在名义上承认元朝皇帝是成吉思汗皇位的合法继承人，尊奉元朝为宗主，实际上并没有改变分裂局面。
蒙古帝国建立的第一天起就注定了分裂的命运，领土横跨欧亚大陆，境内地形复杂、民族众多，宗教冲突、文化冲突等等问题使得完全统一是不可能的。