国库集中支付制度管理办法是将所有的财政性资金全部集中到国库单一账户，所有的财政支出由国库单一账户支付，对
财政资金从预算分配、预算拨付及收款人账户实行财政直接全过程监督、控制的一种制度。
国库集中支付的最终目标是实现从目前的分散支付财政资金转变为国库集中支付形式的现代国库
管理制度。
国库集中支付制度管理的意义（一）从根本上解决了财政资金多环节拨付、多头管理、多户头存放的弊端，提高了财政资金使用效益。实行国库集中支付后，实现了单位用款计划与资金拨付相分离，使单位形成的结余体现为用款计划指标结余，而实际资金结余却在国库或国库集中支付专户。
（二）降低了财政资金运行成本
首先，实行国库集中支付后，单位未使用资金全部结余在国库，可减少
短期借款或发行国债数量。其次，由过去向多个户头拨款变为向一个户头拨款，大大减少了在途资金量，从而降低了财政资金运行成本。
（三）强化了财政预算的执行，推进了部门预算改革步伐
过去是将资金直接拨入预算单位银行账户，而单位是否按既定的预算执行，执行进度如何，只能在事后检查监督，容易形成预算和执行两张皮。现在每笔支出都处应在相预算指标控制之下，财政可随时掌握各项预算的实际支出进度，为制定更加合理的部门预算提供准确资料。
（四）真实反映了财政资金的实际支出数，使财政部门对财经形势做出及时、准确的判断实行国库集中支付后，财政总预算支出和单位支出实际上是同时形成的，财政总预算支出能真实反映财政资金的实际支出数，有利于财政部门对财经形势做出及时、准确的判断。
（五）有效防止了对财政资金的挤占、挪用和截留，从源头上预防和遏制了腐败
实行国库集中支付后，所有财政资金不再预拨到预算单位账户，在预算执行前就对其进行审核，结余都以指标体现，所以挤占、挪用和截留财政资金的可能性大大降低，特别是截留财政资金已不可能。
（六）提高了资金到位速度
实行国库集中支付制度后，对各预算单位来说，省去了国库向单位拨款程序，国库处批准单位用款计划后，直接通过电子网络传送到会计中心，会计中心收到用款计划，单位即可使用资金，可提前资金到位时间3—5天。