法律分析：具体在哪边的法院起诉，取决于案件的实际情况。如果两个公司因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
第二十二条 下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：
(一)对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼(二)对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼(三)对被采取强制性教育措施的人提起的诉讼(四)对被监禁的人提起的诉讼。
第二十三条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第二十四条 因保险合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者保险标的物所在地人民法院管辖。
第二十五条 因票据纠纷提起的诉讼，由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。
第二十六条 因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
第二十七条 因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
第二十八条 因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。
第二十九条 因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告住所地人民法院管辖。
第三十条 因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。
第三十一条 因海难救助费用提起的诉讼，由救助地或者被救助船舶最先到达地人民法院管辖。