从2008年1月1 日起，收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。同时增值税一般纳税人自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。
需取得符合规定的抵扣凭证
纳税人取得的通行费增值税电子普通发票属于增值税抵扣凭证，可以计算抵扣进项税额，根据发票上注明的增值税税额作为进项税额抵扣（左上角标识“通行费”，且“税率”栏显示适用税率或征收率的通行费电子发票，属于征税发票，可以按照“税额”栏注明的税额申报抵扣）
特殊时间的规定
增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。
2018年1月1日至6月30日，纳税人支付的高速公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额计算抵扣进项税额。
2018年1月1日至12月31日，纳税人支付的一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额计算可抵扣进项税额
以下情况不能抵扣进项税额
财政票据不可抵扣。
不征税发票不可抵扣。
ETC预付费用户充值后取得的不征税发票不能抵扣，实际发生通行费用后，ETC客户服务机构和收费公路经营管理单位均不再向其开具发票。因此如果需要征税发票抵扣，建议在充值后不要开具发票，待实际通行后再开具征税发票。
ETC后付费客户和用户卡客户索取发票的，通过政府还贷性收费公路的部分，在发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的不征税发票。
个人ETC开具单位抬头电子发票
个人的ETC，也能开具单位抬头的通行费电子发票，需要在票根网上将个人ETC与发票抬头绑定。在开具的发票上会显示车牌号码。
个人ETC通行费电子普通发票如果要抵扣增值税、所得税税前扣除需要符合相关省市私车公用的涉税政策，具体执行标准需要咨询当地主管税务机关。