哺乳纲
灵长目：蜂猴、倭蜂猴、台湾猴、北豚尾猴、喜山长尾叶猴、印支灰叶猴、黑叶猴、菲氏叶猴、戴帽叶猴、白头叶猴、肖氏乌叶猴、滇金丝猴、黔金丝猴、川金丝猴、怒江金丝猴、西白眉长臂猿、东白眉长臂猿、高黎贡白眉长臂猿、白掌长臂猿、西黑冠长臂猿、东黑冠长臂猿、海南长臂猿、北白颊长臂猿
鳞甲目：印度穿山甲、马来穿山甲、穿山甲
食肉目：豺、马来熊、大熊猫、紫貂、貂熊、大斑灵猫、大灵猫、小灵猫、熊狸、小齿狸、缟灵猫、荒漠猫、丛林猫、金猫、云豹、豹、虎、雪豹、西太平洋斑海豹
长鼻目：亚洲象
奇蹄目：普氏野马、蒙古野驴、藏野驴
偶蹄目：野骆驼、威氏鼷鹿、安徽麝、林麝、马麝、黑麝、喜马拉雅麝、原麝、黑麂、豚鹿、梅花鹿、西藏马鹿（包括白臀鹿）、塔里木马鹿、坡鹿、白唇鹿、麋鹿、驼鹿、野牛、爪哇野牛、野牦牛、蒙原羚、普氏原羚、藏羚、高鼻羚羊、秦岭羚牛、四川羚牛、不丹羚牛、贡山羚牛、赤斑羚、喜马拉雅斑羚、塔尔羊、西藏盘羊、台湾鬣羚、喜马拉雅鬣羚
啮齿目：河狸
海牛目：儒艮
鲸目：北太平洋露脊鲸、灰鲸、蓝鲸、小须鲸、塞鲸、布氏鲸、大村鲸、长须鲸、大翅鲸、白鱀豚、恒河豚、中华白海豚、长江江豚、抹香鲸
鸟纲
鸡形目：四川山鹧鸪、海南山鹧鸪、斑尾榛鸡、黑嘴松鸡、黑琴鸡、红喉雉鹑、黄喉雉鹑、黑头角雉、红胸角雉、灰腹角雉、黄腹角雉、棕尾虹雉、白尾梢虹雉、绿尾虹雉、蓝腹鹇（蓝鹇）、褐马鸡、白颈长尾雉、黑颈长尾雉、黑长尾雉、白冠长尾雉、灰孔雀雉、海南孔雀雉、绿孔雀
雁形目：青头潜鸭、中华秋沙鸭、白头硬尾鸭
鸽形目：小鹃鸠
鸨形目：大鸨、波斑鸨、小鸨
鹤形目：白鹤、白枕鹤、赤颈鹤、丹顶鹤、白头鹤、黑颈鹤
鸻形目：小青脚鹬、勺嘴鹬、黑嘴鸥、遗鸥、中华凤头燕鸥、黄嘴河燕鸥
鹱形目：黑脚信天翁、短尾信天翁
鹳形目：彩鹳、黑鹳、白鹳、东方白鹳
鲣鸟目：白腹军舰鸟
鹈形目：黑头白鹮、白肩黑鹮、朱鹮、彩鹮、黑脸琵鹭、海南鳽、白腹鹭、黄嘴白鹭、白鹈鹕、斑嘴鹈鹕、卷羽鹈鹕
鹰形目：胡兀鹫、白背兀鹫、黑兀鹫、秃鹫、乌雕、草原雕、白肩雕、金雕、白腹海雕、玉带海雕、白尾海雕、虎头海雕
鸮形目：毛腿雕鸮、四川林鸮
犀鸟目：白喉犀鸟、冠斑犀鸟、双角犀鸟、棕颈犀鸟、花冠皱盔犀鸟
隼形目：猎隼、矛隼
雀形目：黑头噪鸦、灰冠鸦雀、金额雀鹛、黑额山噪鹛、白点噪鹛、蓝冠噪鹛（靛冠噪鹛）、黑冠薮鹛、灰胸薮鹛、棕头歌鸲、栗斑腹鹀、黄胸鹀
爬行纲
龟鳖目：缅甸陆龟、凹甲陆龟、四爪陆龟、红海龟、绿海龟、玳瑁、太平洋丽龟、棱皮龟、鼋、斑鳖
有鳞目：大耳沙蜥、鳄蜥、孟加拉巨蜥、圆鼻巨蜥、西藏温泉蛇、香格里拉温泉蛇、四川温泉蛇、莽山烙铁头蛇
鳄目：扬子鳄
两栖纲
有尾目：安吉小鲵、中国小鲵、挂榜山小鲵、猫儿山小鲵、普雄原鲵、辽宁爪鲵、镇海棘螈
硬骨鱼纲
鲟形目：中华鲟、长江鲟、鳇、白鲟
鲱形目：鲥
鲤形目：北方铜鱼、扁吻鱼
鲇形目：长丝
鲑形目：川陕哲罗鲑
鲈形目：黄唇鱼
肠鳃纲
柱头虫目：多鳃孔舌形虫、黄岛长吻虫
昆虫纲
蛩蠊目：中华蛩蠊、陈氏西蛩蠊
鳞翅目：金斑喙凤蝶
双壳纲
帘蛤目：大砗磲
头足纲
鹦鹉螺目：鹦鹉螺
珊瑚纲
软珊瑚目：红珊瑚科所有种
