夫妻双方公积金贷款还款按以下程序扣： 一、如果夫妻双方公积金账户都办理公积金代扣业务，以一方公积金账户为主扣款帐户，当主扣款帐户扣款后还不足以偿还当月应还贷款本息时，就再扣另一方公积金账户余额； 二、如果夫妻俩公积金账户余额累计不足以偿还当月应还贷款本息时，就不再“代扣”，委托人应在每月还款日前向还款储蓄帐户（申请贷款时提供的）存入能够按月足额划转的资金。 三、另外，申请多少额度，如果按单职工的额度申请的话（不超过40万），不会有影响，如果按双职工额度（40~70万）申请则不能通过贷款审核。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》第七十八条 夫妻一方婚前签订不动产买卖合同，以个人财产支付首付款并在银行贷款，婚后用夫妻共同财产还贷，不动产登记于首付款支付方名下的，离婚时该不动产由双方协议处理。 依前款规定不能达成协议的，人民法院可以判决该不动产归登记一方，尚未归还的贷款为不动产登记一方的个人债务。双方婚后共同还贷支付的款项及其相对应财产增值部分，离婚时应根据民法典第一千零八十七条第一款规定的原则，由不动产登记一方对另一方进行补偿。