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一、国家政策依据不同
二、政府审批部门不同
1、高新技术企业认定由各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门联合评审；
2、软件企业由地方科委或科技厅负责评审。
三、有效期限和年审规定不同
1、高新技术企业有限期为三年，三年复审，第六年重新认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关规定报统计和科技委备案，同时在地方企业所得税减免所办理减免备案。
2、软件企业实行每年年检，根据软件企业管理办法规定的指标和资料，提供相关资料，每年的六月份之前办理软件企业年检，如果通过了，可以享受上一年度的企业所得税减免，如果没有通过，不能最享受企业所得税减免。
四、所享受的企业所得税优惠不同
五、所享受的其他优惠政策不同
（一）高新技术企业可享受的其他优惠政策
（二）软件企业可享受的其他优惠政策
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