1、增值税是以整个纳税人为纳税主体进行税款抵扣、应纳税额计算的，既然是减除预缴税额就应当允许全部减除，如果按项目减除，那么同一企业的进项税额也应按不同项目抵扣。
2、国家税务总局公告2016年第18号中规定的，纳税义务发生后，计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。并没有明确是抵减该项目的预缴税款，那么抵减全公司的预缴税款也是没在问题的。
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