港珠澳大桥当前允许通行的车辆包括货车、穿梭巴士、跨境出租车、跨境巴士和跨境私家车。
其中，跨境私家车需要拥有广东和香港牌照，而已经获得批准的皇岗、文锦渡、沙头角、深圳湾口岸的广东和香港车辆可在桥上行驶，有效期限为两年。非广东和香港牌照的私家车则禁止上桥。
现在，符合条件的粤港跨境货车可以免费通行港珠澳大桥，但需要注意的是，往来福田保税区的货车并不包括在内。持有粤港牌照的货车（除福田保税区往来车辆）可直接上桥，随车人员需携带相关证件进出两地。
港珠澳大桥的穿梭巴士分为港澳线和港珠线，为儿童和老年人提供50%的折扣优惠。需要注意的是，穿梭巴士只到达港口，不进入市区。因此，想要乘车的旅客需先抵达珠港澳大桥。另外，购票无需提前预订。
在港珠澳大桥的主桥位置设有珠海收费站，共有20条双向收费车道。该收费站支持电子不停车收费（ETC）和香港快易通，同时也提供人工收费（MTC）服务。在人工收费车道，可以使用银行卡、支付宝、微信等非现金支付方式。若使用现金支付过桥费，需使用人民币，非现金结算则按照人民币计价。