微店支持微信支付、支付宝支付、信用卡支付、储蓄卡、花呗支付等等支付方式，在支付页面点击更多支付方式可进行选择。
由于微信渠道的限制，通过微信或者QQ转发的微店商品链接不支持支付宝支付。而且目前花呗暂不是对全部用户开放，只开放部分用户。在微店选择支付方式的操作步骤：在商品页面点击立即购买，再在订单页面选择地址，点击提交订单，勾选支付方式即可付款即可。消费者付款后，货款会支付到银行或者支付宝、银联等第三方渠道；到订单提现日期将由银行或者第三方直接提现至商家账户，微店仅作为担保平台，在买卖双方出现交易纠纷时及时介入处理。