目前，关于差额征税，有两大类开票方式，一是全额开票，即企业可以全额开具增值税专用发票；二是差额开票，即扣除部分不允许开具增值税专用发票，其余部分可以开具增值税专用发票。
全额开票
有一部分差额征收项目，税法并未规定差额部分不得开具增值税专用发票，例如选择简易计税方法提供建筑税服务的纳税人，提供客运场站服务的一般纳税人等。
纳税人虽然适用差额征税方法，但可以选择全额开具增值税专用发票，购买方可以全额抵扣进项。差额部分以及差额计税体现在增值税申报表以及会计分录上，而非发票上。
差额开票
另外一部分差额征税项目，税法明确规定了扣除部分不得开具增值税专用发票，例如提供经纪代理服务、提供旅游服务、提供劳务派遣服务。
财税【2016】36号文附件2：
经纪代理服务，以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票。
试点纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。选择上述办法计算销售额的试点纳税人，向旅游服务购买方收取并支付的上述费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
在这种情况下，纳税人有两种开票方式，一是全额开具普通发票，购买方不得抵扣进项；二是扣除部分开具普通发票，其余部分开具增值税专用发票，购买方就其余部分抵扣进项，扣除部分不能抵扣进项。
另外，根据国税总局2016年23号公告，按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。因此，适用差额征税办法，且不能全额开具增值税发票的企业，也可以在新系统中使用差额征税开票功能，系统自动计算，然后开具发票。