一、报名方式：
“领军计划”和自主招生的报名方式都是线上报名，但是报名网址不同
“领军计划”报名网址：http://gaokao.chsi.com.cn/zhpjbm/
自主招生报名网址：http://gaokao.chsi.com.cn/zzbm/
需要注意的是，只要符合报名要求，“领军计划”和自主招生可以同时报名；
二、报名条件：
“领军计划”更侧重的是综合学业成绩，即“学优生”，在初审环节，对于竞赛没有要求，
而自主招生则更侧重某一方面的学科特长，即“竞赛生”；
三、报名计划
“领军计划”和自主招生的招收专业比较近似，都分理科类和文科类两个大类，区别在于具体专业，但是差别十分细微。今年的“领军计划”中的临床医学类分为了“协和”和“医学实验班”，分别招收不超过10人和6人，而自主招生中对于“人文与社会类”则进一步细分，分出了经学方向和出土文献方向，临床医学不做细分。具体情况可以参见下面两张表
1、清华“领军计划”招生计划
四、初审评级：
“领军计划”和自主招生在初审材料审查环节都会先“评级”，自主招生初审分为“优秀”、“通过”和“不通过”三档，其中“优秀”可以免初试直接参加复试。“领军计划”初审分为“优秀”、“良好”、“通过”和“不通过”四档，其中“优秀”可以免初试直接参加复试，“良好”可以参加初试和复试，“通过”可以参加初试。
可以看出，“领军计划”比自主招生多分出了“良好”，相当于无论初试表现的如何，都可以参加复试，而“通过”的学生如果在初试环节表现不好，则不能进入复试环节；
五、优惠政策：
“领军计划”和自主招生的优惠分值都是10分~60分，最低降至一本线。另外，在体质测试环节如果被评为优秀，可以额外获得5分的优惠分值（一本线优惠除外）。
二者的区别主要在于入学之后的培养计划。“领军计划”学生在入学后可以优先推荐参加一些综合类项目，比如参加清华大学学生骨干培养项目，优先推荐参加社会工作、公益实践活动等，并提前入学参加集体培训。而自主招生学生在入学后的培养计划则主要侧重科技创新方面，比如推荐参加清华大学创新人才培养计划、优先推荐参加科技创新团队等。