新疆昌吉国家农业科技园区于2002年经国家科技部批准，是全国第二批国家级农业科技园区试点单位,全国36个国家级农业科技园区之一，是新疆地方第一个国家级农业科技园区。 园区地处准噶尔盆地南缘、天山北麓的昌吉市，距新疆首府乌鲁木齐市35公里，距乌鲁木齐国际机场18公里。位于新疆经济发展最具活力的天山北坡经济开发带的前沿，是天山北坡经济带和乌昌都市经济协作圈的核心区，北疆铁路、乌奎高速公路、312国道穿境而过。这里民丰物阜，人杰地灵，有着厚重的农业文化积淀。
园区的总体布局分为核心区、示范区、辐射区。核心区以昌吉市为主，示范区以昌吉州为主，辐射区以天山北坡为重点，辐射南北疆各地。总规划面积49.8万亩，其中核心区3.6万亩（集体土地和部分国有土地），示范区46.2万亩（国有土地）。2004年园区实现国内生产总值4.5亿元，完成出口创汇70万美元。
园区自成立以来，始终按照《农业园区指南》的要求，积极探索，开拓创新。自治区党委、人民政府高度重视园区的建设与发展，2002年10月下发了《关于昌吉国家农业科技园区建设有关问题的批复》等文件，成立了“新疆昌吉国家农业科技园区建设协调领导小组”和办公室，领导小组由自治区副主席担任，昌吉州州长和自治区科技厅厅长任副组长，成员由自治区计委、财政厅、科技厅、农业厅、水利厅、国土资源厅、建设厅、林业局、工商局、地税局、乌鲁木齐高新技术产业开发区以及金融、科研等单位的分管领导组成。园区协调领导小组办公室由昌吉州分管副州长担任，自治区科技厅一名副厅长任办公室副主任，成员由昌吉市人民政府、昌吉州计委、财政局、科技局、农业局、水利局、国土资源局、建设局、林业局、工商局、地税局、金融等单位的主管领导组成。2003年3月20日，昌吉州党委下文成立了昌吉国家农业科技园区管理委员会和党工委，实行一套机构，两块牌子，正县级建制。主要行使计划、财政、外贸、规划、建设等经济管理和行政管理权限。2003年4月29日园区管委会正式挂牌成立。园区管委会内设置6个职能部门：办公室、财政局、产业发展局、招商局、规划建设环保局、高新农业发展局。工商、税务、国土资源等实行垂直管理的部门在园区设立了分支机构和派出机构。管委会列事业编制45名，其中领导职数（专职）4名，科级职数12名。
