东南大学研究生院在四牌楼校区。
四牌楼校区位于六朝古都南京的中心玄武区四牌楼2号，校区东枕钟山,北临玄武湖,松桧荟翠,风景秀丽,占地641亩，已建有各类建筑61.85万平方米。现为研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究基地。
东南大学研究生学籍管理规定
为了贯彻国家的教育方针，维护正常的教学秩序，依法治校，加强和完善研究生的学籍管理，促进研究生德、智、体、美全面发展，保证研究生培养质量，依据教育法、高等教育法以及其他法律、法规，特制定本规定。
第一条
新生应当按规定日期，持入学通知书，携带必要证明材料来校办理入学手续。如因特殊原因，不能按时入学者，应当事前向研究生院请假并附有关证明。请假不得超过两周。未经请假或请假逾期者，除因不可抗力等正当事由外，取消入学资格。
第二条
新生入学时，经学校指定的二级甲等及以上医院体检合格者，准予注册，并取得学籍。在体检复查中发现患有疾病不能坚持学习者，经学校指定医院证明，短期治疗不能达到入学标准的，取消入学资格；短期可以治愈的，由研究生院批准保留入学资格一年，回家或回原单位治疗，所有费用自理。
保留入学资格者不具有学籍。待次年新生入学前三个月由本人提出入学申请，并经学校指定医院复查合格，方可重新办理入学手续。复查仍不合格或逾期不办理入学手续者，取消入学资格。
第三条
新生入学后，学校将按招生规定复查。凡属弄虚作假、徇私舞弊取得学籍者，一经查实，取消学籍（注：对于在校生，不论何时发现都作取消学籍处理）。
第四条
每学期开学时，研究生须按时到校并在各院（系、所）办理报到注册手续。因故不能如期报到注册者，必须履行暂缓注册手续，批准后方为有效。未缴纳学费或其他不符合注册条件的不予注册。无正当理由未履行暂缓注册手续不按时注册超过2周的，视为自动退学。