自然界中分离到的细菌种类最多的是杆菌。
自然界中分离到的细菌形态各种各样，种类最多的依次是杆菌、球菌、螺旋菌。
杆菌一般呈正圆柱形，也有近卵圆形的，菌体大多平直，亦有稍弯曲的，菌体两端多钝圆，少数是平截状或尖突状。可分为单杆菌（大肠杆菌）、双杆菌（鼠疫杆菌）、链杆菌（猪痢疾杆菌)、球杆菌（多杀性巴氏杆菌）、棒状杆菌（白喉棒状杆菌）、分枝杆菌(结核分枝杆菌）、双歧杆菌（双歧乳杆菌）等 。杆菌属原核生物。
球菌(coccus)指的是一种呈球形或近似球形的细菌。根据排列方式不同，可分为八叠球菌和葡萄球菌等。 球菌种类繁多，病原性球菌常引起化脓性感染，故又称化脓性球菌，主要涉及革兰阳性的葡萄球菌属、链球菌属及革兰阴性的奈瑟菌属。单球菌、双球菌、链球菌、四联球菌。
螺旋菌是一类革兰氏阴性菌，呈螺旋状，身体细而长，为5-50μm。它们极其活跃，呈螺旋状移动。螺旋菌可分为好氧、绝对厌氧、厌氧三类。
杆菌的用途：
在食品工业中，利用醋酸杆菌制醋，利用棒状杆菌制味精等。
在制剂工业中，苏云金杆菌、杀螟杆菌等能毒杀松毛虫、玉米螟、菜青虫、棉铃虫等多种农林害虫，利用它们制作生物杀虫剂，可以减少农药的使用，防止环境污染。
生活在人和一些动物肠道内的大肠杆菌，能够合成维生素B12和维生素K,对我们的健康有益。
此外，大肠杆菌还是科学家们进行科学实验研究的好材料。利用生物技术手段，人们已经能够让大肠杆菌来生产胰岛素、干扰素等贵重药物了
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