生产企业发生进口料件加工复出口货物业务，有进料加工与来料加工贸易方式。在税收上，进料加工方式下，除对签有进口料件和出口成品对口合同的进料加工业务外，一般进料加工复出口业务其进口料件根据规定按
85%、95%比例免征关税、增值税等，加工出口后按“免、抵、退”税的规定办理（免）退税。来料加工方式下，海关对企业进口的原材料或零部件等予以保税，加工产品出口时，海关对出口货物及企业收取的工缴费收入免征出口环节的关税、增值税等，但出口货物所耗用国内辅件所支付的
进项税额不得抵扣或不予退税。由于我国目前是一种不完全的退税制度，除船舶、汽车、数控机床、印刷电路、铁道机车等极少数产品出口实行增值税零税率（退税率为
17%）外，其他产品的退税率都小于征税率，企业对不能抵扣的进项税额需要计入出口产品的加工成本。因此，进料加工与来料加工的税收成本就可能不同。
进一步细分的话，具体操作需要分外贸企业和生产企业两种不同的处理办法：
1.按外贸企业退税办法办理退税的出口企业采取作价加工形式的，开具增值税专用发票后，应按规定向主管退税税务机关申请出具《进料加工贸易申报表》，报经主管退税税务机关同意签章后，由出口企业将此申报表报送主管其征税的税务机关，征税税务机关对这部分销售料件的销售发票上所注明的按规定税率计算的应交税额不计征入库，而由主管退税税务机关在出口企业办理
出口退税时在退税额中扣抵。出口企业在申请出具《进料加工贸易申报表》时，应附送已开具的增值税专用发票（抵扣联）复印件。
进料加工复出口货物出口退税额的计算公式为：
出口退税额＝出口货物应退税额－销售进口料件应抵扣税额；
销售进口料件应抵扣税额＝销售进口料件金额×退税率－海关已对进口料件的实征增值税额。
公式中退税率是指加工复出口货物的法定退税税率。
采取委托加工形式的，可凭工缴费的增值税专用发票及其专用税票按规定办理退税，若原材料已减征进口环节增值税的，可凭《海关代征进口增值税缴款书》原件在进口料件按本办法核销后办理退税。
2. 按“免、抵、退”办法办理退税的出口企业，进口料件加工复出口的货物，按购进扣税法计算抵扣进口料件减免税，计算公式为：
当期不予抵扣或退税的税额＝当期出口货物
离岸价×外汇人民币牌价×（征税税率－退税率）－当期海关免税进口料件
组成计税价格×（征税税率－退税率）；
当期海关免税进口料件组成计税价格＝当期进口料件的
关税完税价格＋实纳关税＋实纳消费税 .
公式中的前一个征税税率是指复出口货物法定征税税率，后一个征税税率是指进口料件法定征税税率；退税率是指加工复出口货物的法定退税税率；进口料件的关税完税价格是指出口企业当期财务已入帐的进口料件的
到岸价。外商无偿提供的“客供辅料”以及不计入复出口货物离岸价的进口料件在计算当期不予抵扣或退税的税额时，不计算进口料件模拟抵扣税。