常用的清塘药物有生石灰、漂白粉、茶饼、氨水等。其中以生石灰、氨水、漂白粉清塘具有较多优点。生石灰不但能杀灭塘内病原、中间寄主、携带病原的动物和敌害，而且还有改良土壤、水质和施肥作用；氨水、漂白粉和生石灰有同样的杀灭作用，氨水还有施肥作用。茶饼灭菌作用不大，防病效果稍差。
①生石灰清塘：方法有两种，一是干池清塘，先将池水放干或留水深6～9厘米，亩用生石灰50～75公斤。清塘时在塘底挖掘几个小坑，或用木桶等，把生石灰放入加水溶化，不待冷却立即均匀向四周泼洒（包括堤岸脚），第二天早晨最好用耙耙动塘泥，消毒效果更好。另一种是带水清塘，每亩平均水深1米用生石灰120～150公斤，通常将生石灰放入木桶或水缸中溶化后立即全池遍洒。7～8天后药力消失即可放鱼。实践证明，带水清塘比干塘清塘防病效果更好，但生石灰用量较大，成本较高。
②漂白粉清塘：一般每立方米水用含有效氯30％左右的漂白粉20克，先用木桶加水将药溶解，立即全池均匀遍洒，然后用船等划动池水使药分布均匀，发挥效果。4～5天后药力消失即可放鱼。漂白粉有很强的杀菌作用，但易挥发和潮解，因此必须密封保存在陶器内，存放干燥处。使用前最好测定有效氯含量，不足30%的要适当增加用量。
③氨水清塘：一般将池水排干或留水深6～9厘米，亩用氨水12～13公斤，加水全池均匀遍洒，过4～5天即可加水放鱼。
④茶饼清塘：每亩平均水深1米用茶饼40～50公斤，先将茶饼打碎成粉末后加水调匀全池均匀遍洒。6～7天后药力消失即可放鱼。清塘后加水放鱼时，加水应采取过滤措施，以防止野杂鱼和病害生物随水进入塘内。
除了上述清塘药物外，有些地方也有用巴豆或鱼藤精清塘的。这些药物能杀死水中的害鱼，对鱼病病原体和其他水生生物的杀来效果很差。
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