不影响，上大学时虽然办理了户口迁移证，一直在你手里，则肯定超过了迁移证有效期（我毕业时开的是一个月，你的最多3个月），你没有迁，则户口仍然在原籍。学籍档案属于国家机密，跟户口没什么直接关系，考上大学，高中学校会把你的学籍档案通过邮局，以机要文件级别（不同于普通邮寄和快递公司，更安全的途径）邮寄到你的学校。此时是否选择将户口从家乡迁往学校，完全为学生自愿，故虽然你办理了迁移证，但是没有到学校所属的派出所落户，迁移证过期，你的户口还在老家。毕业后如果想迁户口到就业单位，还可以根据学校开出的报到证，回老家申请户口迁移，而你的档案学校会直接用机要文件方式邮寄给你的就业单位，如果单位没有人事档案保管权限，会邮寄给单位所属的有人事档案保管权的管理部门（省或市的人才交流中心）。如果毕业时你没立刻找到工作，那么你还省下了将户口从学校迁回原籍。所以可以放心，你现在的学籍档案没有任何问题。
参考资料：可以百度一下，档案、户口，进一步了解。