关于基因工程试验中设计引物的问题。

Question

我有段1240bp大小的目的基因，是一段蛋白酶基因。我让上海生工帮我设计的引物，公司返回给我的一对引物，长度都是22bp，但是引物位置是在267和550，产物大小284bp。但是我的目的基因有1240bp啊，为什么这对引物的产物才200多？公司还特意问我要了从genbank中查到的此基因的CDS，不知道跟这是否有关？刚刚接触这方面的东西，不引物设计的基础性的知识了解不多，网上只有交怎么用软件的，并没有看到有关的基础理论知识。

Answer 1

CDS全称coding sequence，指编码序列，天然的翻译过程中，只翻译CDS，也就是说绝大多数蛋白的CDS都是以AUG（起始密码子，设计引物时用ATG）开头的以UAG,UAA,UGA（终止密码子，设计引物时用TAG，TAA，TGA）结尾的，你设计引物的目的是为了最终表达这个蛋白酶么？如果是，那根据CDS设计引物就可以了，我可以给你打包票没问题。CDS上游和下游的序列在基因工程表达中没有用的。你看下公司设计的引物是不是从CDS的两头设计的，如果上游引物和CDS的前22个碱基能对上就说明上游引物没问题。
还有一点你要注意，如果你将来要表达所用的表达载体是HIS*6标签用以纯化的，你的看看下游引物扩增的目的片段是否存在终止序列，如果存在，那么将来表达的时候HIS*6标签无法和你的目的基因融合表达，也就是说你表达的蛋白不能用镍层析柱进行纯化。

Answer 2

如果两条引物都在基因的中间位置，那只有一种可能就是他们设计的是测序引物，并非PCR扩增引物。
你需要说明你的实验目的，先扩增然后测序验证？还是直接测目的基因的某个EXON、SNP之类的。。。本回答被网友采纳

Answer 3

我觉得要看你实验目的，我现在如果你想是得到1240bp的目标基因，直接用引物设计软件设计就行了。从你的描述上来看，可能是生工不太明白你的目的。先把你的问题明确的告诉我，这样好回答。

Answer 4

你的序列里是不是有外显子和内含子存在呀？他们是设计的CDS区吗？
首先，你要确定你的序列是从哪里扩增，如果是cDNA的话，那么只要设计这个基因的全长1240bp就可以了，但是如果是在基因组中扩增的话，那么你要把内含子给去除掉。可能引物设计就要多个了。