从税收管理和工商管理上看，没有什么区别，只是都个人独资企业比个体工商户名号大一点。
个体工商户和个人独资企业的税收管理同样相对宽松，对建账要求较低，在税款征收方式上主要采用定额或定率征收；
个人独资企业和个体工商户虽然都具有设立灵活、登记手续简便等特点，但两者还是有不少区别的，需要投资者通盘考虑，根据自身情况选准组织形式。
第一，个人独资企业必须要有固定的生产经营场所和合法的企业名称，而个体工商户可以不起字号名称，也可以没有固定的生产经营场所，可以进行流动经营。换句话说，合法的企业名称和固定的生产经营场所是个人独资企业的成立要件，但不是个体工商户的成立要件。
第二，个体工商户的投资者与经营者必须为同一人，即投资设立个体工商户的自然人。而个人独资企业的投资人可以委托或聘用他人管理个人独资企业事务，即所有权与经营权可以分离，这就决定了个人独资企业更符合现代企业制度的特征。
第三，个人独资企业可以设立分支机构，也可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人，但由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。而根据规定，个体工商户不能设立分支机构。由此可以看出，个人独资企业的总规模一般大于个体工商户。
第四，在民事、行政、经济法律制度中，个人独资企业是其他组织或其他经济组织的一种形式，能以企业自身的名义进行法律活动。而个体工商户是否能够作为其他组织或其他经济组织的一种形式，一直是国内有关专家的争论焦点。更多的时候，个体工商户是以公民个人名义来开展法律活动的。另外，个人独资企业与个体工商户作为市场主体，参与市场经济其他活动的能力也不同。例如，个人独资企业可以成为公司的股东，从而以企业名义享有公司股东的权利和义务；而个体工商户一般只能以个人投资者身份成为公司股东。
第五，个人独资企业与个体工商户在财务制度和税收政策上的要求也不尽相同。事实上，这也是投资者比较关心的问题。根据《个人独资企业法》的规定,个人独资企业必须建立财务制度，以进行会计核算。而个体工商户由于情况复杂，是否需要建立会计制度，争论较多。从目前的实际情况看，个体工商户可以按照税务机关的要求建立账簿，如果税务部门不作要求，也可以不进行会计核算。另外，在税收政策方面，一般来说，个体工商户较难被认定为一般纳税人，而符合条件的个人独资企业则可以被认定为一般纳税人。
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