魏晋时期道教神仙已十分庞杂，但散乱无序。到了南朝梁代，著名道教理论家陶弘景写的《真灵位业图》作为第一个较为系统的道教神谱，开始出现。在这神谱中，陶弘景将神仙分为七个等级，每个等级设一中位，有一个神仙主持，中位之外又分设左位，右位若干席位，安排诸神。七个等级高低有别，以第一等级为最高，以此分级，秩序井然。各等级除了中位主神外，还有左右诸位神仙，数量各不相等，如第一等级左位29神外，右位19神。第三等级左位50馀神，右位30馀神。这些左右诸神仙，有的是历史上的帝王、将相或圣人先贤，如第三等级的孔子、颜回、庄子、第七等级的秦始皇、汉高祖、齐桓公、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。有的是道教著名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教大理论家。有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子等等。总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有无人知晓的人物，难以考其来源，有的与道教关系不大，像孔子也拉进神谱，显得不伦不类。除陶的神谱外，还有各种不同的神谱，其结构和内容也互有出入。
陶弘景的《真灵位业图》神谱只是上清派一家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金阙帝君等为最高神，灵宝派以元始天尊、太上老君地位为最尊，而天师道则尊老子为最高神。三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型。
关于这个说法，谈谈我的认识。这个问题，你要先搞清楚，老君是什么，三清又是什么。
老君者，虚无自然，先天地而化身，是谓老君。
三清：上清，玉清，太清 。三清又代表三个时期，简单来说就是过去，现在，将来，就是三才。
所谓老君一气化三清，不过是一个形容。目的就是说，万法归一，殊途同归。这里的老君也好，三清也好，不代表实际任何，而只说明一个道字。道无不在，处处显化。所谓三清，无论是天地万物，各个都有三清。从无而有，有而无的一个过程。
但是现在人，都字看字表面，而不根其本，这句话本身不错，错的是人们自己理解错误。
现代很多人认为，三清（元始，灵宝，太上）为虚无自然老君所幻化。虽然道教现在说的三清多指的是实际的天尊，而不是三才。但早期老君一炁化三清的三清指的不是三天尊也不是三清境。现在人混淆这个概念的原因，还有一点就是把道教现在供奉的三清误认为就是道老君一炁化三清的三清可是说是三才，也可以说是过程，也可以说是…… 不代表任何具体事物。
现在道教供奉的三清是“人物”，是历劫应化的天尊，而不是道。
道经中说的虚无自然上帝才是老君，而不是指三清中的太上老君，此老君非太上老君，此三清非上清玉清太清。
一个是道演化的过程，
一个是修炼有成的天尊，
根本就不是一样的。万物可以有你，但是你不是万物
而不是你供奉的三清，四御，五老。
总而言之，三清有两种：
就是老君一炁化三清中的万物
现在供奉的三清是人物，三清天尊是历代应化，再简单说就是“人”。天尊都是天地孕育经历历劫修炼而成。天地孕育的也是“人”，天地再延伸说就是父母。
“一气化三清”最早出自许仲琳著的《封神演义》，写的是太上老君与通天教主斗法时，太上老君用一气化出三个法身的故事。道教三清原指玉清、上清、太清三位尊神，全称为太清境大赤天道德天尊，简称道德天尊，又称太上老君，是道教最早祟奉的至尊之神，或说化身老子，后因出现“一气化三清”之说，由一尊神变为三尊神，以太上老君列三清第三位神。老子者，老君也。《云笈七签》又用之以写三清之产生，“原夫道家由肇，起自无先，垂迹应感，生乎妙一，从乎妙一，分为三元，又从三元变生三气，……三元者，第一混洞太无元，第二赤混太无元，第三冥寂玄通元。从混洞太无元化生天宝君，从赤混太无元化生灵宝君，从冥寂玄通元化生神宝君。”既然三元变生三气，又化生三位天神，此三位天神自然即为三气所化或为三气之体现者。这三位天神实即后世所称之三清尊神。故后世有”一气化三清“之说，表明”气“是构造道教最高神的基本要素。同样，最高神之下的众神仙，也由“气”所构成。如“玉帝，在道教即三清之化。”即三清祖气所化，“五老上帝者，五气之根宗，五行之本始也。表明玉皇大帝、五老君的“气”是直接源自根宗.三清是道教对其所崇奉的三位最高天神的合称。这三位最高天神指：“玉清境清微天元始天尊、上清境禹馀天灵宝天尊，太清境大赤天道德天尊。其中所谓玉清境、上清境、太清境是所居仙境的区别，清微天、禹馀天、大赤天是所统天界的划分，而天尊的意思则是说，极道之尊，至尊至极，故名天尊。元始天尊约在晋代才在道教神系中出现。它被说成是由赤混洞太无元的青气化生的。每到劫数终尽，天地初开，就出来传授秘道，开劫度人。灵宝天尊在道教神系中出现，则晚于元始天尊，是南北朝时才有的。它被说成是由混太无元玄黄之气所化生，又称太上道君，也随劫运出法度人。道德天尊即老子，又称太上老君。为了构成三清尊神的等级序列，它被说成是由冥寂玄通元玄白之气化生的。事实上，道教从创立之时起，就尊奉老子为教主，进而说他上处五京，为神王之宗;下在紫微，为飞仙之主，成了至尊天神，而且常常分身降世，无世不存。但在三清中，其地位处于最低层，显然不合所有道教徒的信仰，所以到后来，又产生了老子一气化三清的说法。
三清是道教对其所崇奉的三位最高天神的合称。这三位最高天神指：“玉清境清微天元始天尊、上清境禹馀天灵宝天尊，太清境大赤天道德天尊。其中所谓玉清境、上清境、太清境是所居仙境的区别，清微天、禹馀天、大赤天是所统天界的划分，而天尊的意思则是说，极道之尊，至尊至极，故名天尊。
元始天尊约在晋代才在道教神系中出现。它被说成是由赤混洞太无元的青气化生的。每到劫数终尽，天地初开，就出来传授秘道，开劫度人。
灵宝天尊在道教神系中出现，则晚于元始天尊，是南北朝时才有的。它被说成是由混太无元玄黄之气所化生，又称太上道君，也随劫运出法度人。
道德天尊即老子，又称太上老君。为了构成三清尊神的等级序列，它被说成是由冥寂玄通元玄白之气化生的。事实上，道教从创立之时起，就尊奉老子为教主，进而说他上处五京，为神王之宗;下在紫微，为飞仙之主，成了至尊天神，而且常常分身降世，无世不存。但在三清中，其地位处于最低层，显然不合所有道教徒的信仰，所以到后来，又产生了老子一气化三清的说法。