苹果在贮藏过程中，常见的生理性病害有苦痘病、虎皮病、红玉斑点病等；常见的真菌性病害有轮纹病、炭疽病、青霉病、褐腐病等。
苹果生理性病害依不同病害，采用不同的方法加以防治。例如：采前用氯化钙或硝酸钙溶液喷布果实，可防治苦痘病和红玉斑点病；防治虎皮病的措施包括适时采收，加强通风及用含二苯胺1.5～2mg的纸单果包装等方法。
苹果真菌性病害的综合防治，应从生产过程开始，作好田间的杀菌消毒；采收、包装、运输过程中，要保证果实完整无损，尽量避免发生病虫伤口和机械损伤，减少病菌的侵入。贮藏时，果实可采用噻苯咪唑或苯来特、托布津、多菌灵浸泡或喷洒，也可用仲丁胺熏蒸。降低贮藏温度，也能减轻真菌性病害的发生。