体育课的课程结构主要由几个组成部分构成，包括教材顺序、教学方法和时间分配等，其设计需考虑人的认知活动和生理机能活动的规律。生理机能活动的规律通常表现为上升-稳定-下降的三个阶段，这反映了人体工作能力的动态变化趋势。
根据这些规律，体育课一般被划分为三个基本部分：准备部分、基本部分和结束部分。准备部分对应上升阶段，帮助学生逐渐进入活动状态；基本部分对应稳定阶段，进行具体的体育活动；结束部分对应下降阶段，通过放松活动帮助学生恢复体力。具体到每节课，这些部分的结构会因任务、教材内容、学生条件（如人数和能力水平）以及场地、器材和季节气候等因素而有所变化，体现出课结构的一致性和多样性。
例如，小学体育课有时会将准备部分细分为“开始”和“准备”两个小环节，形成4部分结构，但这并不改变其基本的3部分框架。目前，大部分体育课倾向于采用3部分结构，但也有一些国家的课程设计并不严格区分。总的来说，体育课的结构设计是灵活而富有弹性的，以适应不同教学情境和学生需求。
体育课是体育教学的基本组织形式，主要使学生掌握体育与保健基础知识，基本技术、技能，实现学生思想品德教育，提高运动技术水平。