不是印花税，是在公司注册地交的增值税和附加税，以后外管证核销时会不会有麻烦?
工程合同印花税按合同金额的0.03%计算缴纳，可以购买印花税票贴在合同上并划销，也可以去地税局直接缴纳。
外地企业不一定要回当地缴纳，在那交税，在那交。如此合同已在你公司所在地税务机关，按规定及时足额购买并粘贴印花税票的，经异地市地税机关审核查实后，可不再缴纳此合同的印花税。
根据《印花税暂行条例》（国务院令第11号）第七条的规定，应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花。这样外地来本地的施工企业应于合同签订时缴纳印花税，而合同签订时的地点就是本地，由此可理解为此时的缴纳地为本地。
若外地来企业在其机构所在地开具《外经证》时，当地税务机关就其在本地签订的施工合同征收了印花税，该外地来施工企业在本地不再缴纳此合同的印花税，但需要提供已缴纳印花的是完税凭证或已贴花的合同原件及复印件。