灌溉用水水质的好坏，主要从水温、水的总矿化度及溶解盐类的成分对农作物和土壤的影响来考虑。有时，还要考虑水的pH值和水中有毒元素的含量对农作物和土壤的影响。
（1）灌溉水的温度应适宜。在我国北方，以10～15℃为宜；在南方的水稻生长区，以15～25℃为好。温度过低或过高，对作物生长都不利。我国北方地下水的温度，一般都偏低，可将水取出后引入地表水池晾晒或用加长渠道等措施来提高水温。这样做，还能使水中对作物生长不利的低氧化物（特别是氧化铁）发生氧化。利用温泉水灌溉时，也可用这种方法降温后再灌溉。
（2）灌溉水的矿化度不能太高，一般以不超过1.7 g/L为宜，若大于1.7 g/L，则应视作物种类和所含盐类成分而定，不同作物有不同的耐盐性。例如，在华北平原灌溉水的矿化度小于1 g/L，一般作物生长正常，灌溉水矿化度为1～2 g/L，作物不能生长，只能生长少量耐盐牧草，此外，用矿化度不同的水灌溉的效果，还与耕作层土壤性质有关，透水性弱，排水困难的土壤比透水性强的效果差。
（3）水中所含盐类成分不同，对作物有不同的影响。对作物生长最有害的是钠盐，尤以Na2CO3危害最大，它能腐蚀农作物根部，使作物死亡，还能破坏土壤的固粒结构。其次为NaCl，它能使土壤盐化，变成盐土，使作物不能正常生长，甚至枯萎死亡。对于易透水的土壤来说，钠盐的允许含量一般为：Na2CO3，1g/L；NaCl，2 g/L；Na2SO4，5 g/L。如果这些盐类在土壤中同时存在，其允许含量应更低。水中有些盐类对作物生长并无害处，例如CaCO3和MgCO3。还有一些盐类对农作物是有益的，例如硝酸盐和磷酸盐，具有肥效，有利于作物生长。
水中含盐分的多少和盐类成分对作物的影响受许多因素的控制，如气候条件、土壤性质，潜水水位埋深，作物种类和生育期，以及灌溉方法、制度等。因此，对水中有害盐分的允许含量规定出适于各种条件的统一标准是困难的。
农田灌溉用水的水质，不仅应考虑对作物生长有无影响，还应注意不要造成环境污染，特别是城市郊区，常用废水作为灌溉水源，对水质必须严格限制。