天京已不可能再守，当时太平天国唯一的救亡良策，只有放弃天京，取道皖南，入江西，绕湖北，与攻克陕西汉中的西北远征军会合，踞西北，以图中原。苏州失守后，李秀成就回京奏请洪秀全执行这个救亡战略。洪秀全断然拒绝，硬要死守天京。 1864年正月，天京被包围。在去年11月，洪秀全就特命干王洪仁玕出京到丹阳、常州、湖州等地去催兵解围。各处军队因天京无粮都不应命。而天京这样大的城池只留一万人防守，也还在缺粮。2月，杭州失守。这时候，苏、浙两省从城池撤出的军队都因缺乏粮食，不可能在当地继续作战，3月下旬，奉诏急救天京的西北远征军从陕西赶回到皖北边境，也因苏、皖地区遍地饿荒，被迫停留，无法抵达天京。 1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月天京失守，李秀成带领幼天王突围，混乱中失散，于同月22日在江宁方山被俘，亲书供状数万字后，于8月7日被曾国藩杀害。10月幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。 长江以南的太平军余部谭体元部队在1866年初于广东梅县被肃清，江北的太平军赖文光部投入捻军，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。 东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章消灭。 最后一支使用太平天国年号的残余捻军袁大魁部于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。 1874年太平天国亡国十周年，杨辅清自美国易容潜返回福州加入绿营发展组织，遭到闽浙总督发现逮捕殉难，证实确有为数不详太平军涌入太平洋部份岛屿。