丙酸氟替卡松乳膏尽管耐受性良好，但使用过程中可能会出现一些不良反应。在安慰剂对照的临床试验中，常见副作用包括：
在儿童使用的开放临床试验中，报告的副作用有：
值得注意的是，过敏反应如发炎、毛囊炎、痤疮样皮疹等较少见，但在封包疗法中发生频率会增加。长期大量使用可能导致局部皮肤萎缩，如皮肤变薄、出现萎缩纹、毛细血管扩张、多毛及色素减退。大面积或长期使用可能通过全身吸收影响肾上腺皮质功能，尤其在婴幼儿和封包治疗患者中更为显著。如果婴儿在使用后还需使用尿布，也应视为封包疗法。此外，尽管罕见，但在治疗银屑病过程中或停药后诱发脓疱型银屑病的风险存在。个别情况下，皮肤病的症状可能会加重。