到梁代的《神农本草经集注》,就改成按药物自然属性把药分成七类,即玉石、草木、虫兽、果、菜、米食、有名未用等,这就比以前进了一步。生物学家发展史表明,分类的情况在一定程度上代表着该学科的水平。经过近千年的进步,李时珍在药物分类学上取得了极大的进展。他把《本草纲目》中1892种药分成16部62类。就植物而言,他把1195种药分成5部30类,其中包括草部(分山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草)、谷部(分麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿)、菜部(分荤辛、柔滑、菜、水菜、芝)、果部(分五果,山果、夷果、味果、果、水果)、木部(分香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木)等。植物的分类法,在《本草纲目》表现出相当高的科学性,例如他已经把桔梗科的沙参、荠、桔梗编排在一起;把伞形科的柴胡、防风、独活排在一起;把姜科的高良姜、豆蔻、白豆蔻、缩砂密、盖智子排在一起;还把菊科的菊、野菊、菴、蓍、艾、千年艾、茵陈蒿、青蒿、黄花蒿、百蒿排在一起;把蓼科的蓼、水蓼、马蓼、荭草、毛蓼排在一起。这样的排列法,说明李时珍已经对植物的自然分类法有较深入的了解,有较高的科学水平。