臭豆腐的制作工艺因此分为两种：腌渍型工艺和微生物发酵型制作工艺。
腌渍型工艺的臭豆腐以
长沙臭豆腐为代表。制作这种臭豆腐时，首先要用溶解的
青矾水浸泡豆腐坯，青矾的主要成分是
硫酸亚铁，起上色和产生臭豆腐特殊气味的作用。浸泡一段时间之后，人们就会把配置好的臭卤倒进去，用卤水再浸泡一段时间，当这些豆腐坯成形入味之后，就把豆腐坯捞出来，沥干，油炸，再刷上一层调味料就可以吃了。在以前，人们还有一种用腌制雪里红的咸菜臭水来浸泡豆腐坯的制作方法，但是这种制作方法大约需要15~30天，对于继续销售臭豆腐的商家而言，时间就是金钱，现在很少被采用了。
而微生物发酵型臭豆腐的制作工艺就麻烦多了，这种臭豆腐是从大豆开始准备的。首先人们对大豆进行筛选、浸泡、冲洗、研磨、除渣，将大豆制成豆浆，再制成
豆腐脑，然后压榨成形、切块，到了这一步时，不同的商家就会在豆腐块上接种自己家独有的细菌或
真菌，然后任其生长，当豆腐块被这些微生物“滋润”得差不多，已经长满毛的时候，商家再把这些毛搓掉，进一步腌制，过段时间再浇上自己制作的卤水后就可以装坛了，装好坛的臭豆腐一般不会立刻出售，而是让它在坛内继续发酵一段时间，最终获得成品臭豆腐。用这种工艺制出来的臭豆腐质地软，更好吃，但也需要花费更多的时间和经历。
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