北京日本学研究中心是由中国教育部和日本国际交流基金联合建立的学术机构，致力于推动中日两国在学术领域的交流与合作。
该中心的组织结构严谨，设有多个工作机构以确保研究的高效运行。首先，它拥有指导委员会，作为决策和指导的核心，为研究中心的整体方向提供指导。实施委员会负责中心日常运营和项目管理，确保各项计划的顺利执行。
工作委员会和专科委员会则分别承担专业领域的研究和指导工作，涵盖硕士研究生的培养和在职硕士学位教师的进修，如现代日本研究班，其具体课程设置在北京大学，为学者提供了深入研究日本的平台。
研究部和图书资料部是中心的重要组成部分，前者负责学术研究的策划与实施，后者则积累了丰富的中日相关文献资料，为研究人员提供了丰富的学习和研究资源。此外，中日方事务办公室则负责协调中心与国内外合作伙伴的交流，确保了国际交流的顺畅进行。
总的来说，北京日本学研究中心通过这样的组织架构，为中日学术交流提供了一个专业且高效的平台，推动了两国在学术领域的深入合作与交流。
北京日本学研究中心正式成立于1985年9月，是中国国家教育部与日本国国际交流基金为促进两国教育文化交流而共同创建的研究生院级的日本学教学与研究机构。目的在于培养我国现代化建设所需的高层次日语教育和日本学研究方面的专门人才，为全国的日本学研究界提供研究和交流的环境。北京日本学研究中心是全国中外合作办学的典范，其独具特色之处是“中日联合培养，共同管理合作”。北京日本学研究中心的成立，先后经过创办前身、酝酿讨论、中日谈判和共同创建等四个阶段。